本府設有25局、4處及3委員會等32個一級機關，包括民政、財政、教育、經濟發展、海洋、農業、觀光、都市發展、工務、水利、社會、勞工、警察、消防、衛生、環境保護、捷運工程、文化、交通、法制、地政、新聞、運動發展、毒品防制、青年等25局，行政暨國際、主計、人事、政風4處及研究發展考核、原住民事務、客家事務3委員會，及38個區公所，另外還包括空大/處/委員會/院/所/館/中心/場等122個附屬機關，合計189個機關；其中設有政風機構者，計有一級機關24個，二級機關15個及區公所30個，共計69個。