本府設有25局、4處及3委員會等32個一級機關,包括民政、財政、教育、經濟發展、海洋、農業、觀光、都市發展、工務、水利、社會、勞工、警察、消防、衛生、環境保護、捷運工程、文化、交通、法制、地政、新聞、運動發展、毒品防制、青年等25局,行政暨國際、主計、人事、政風4處及研究發展考核、原住民事務、客家事務3委員會,及38個區公所,另外還包括空大/處/委員會/院/所/館/中心/場等122個附屬機關,合計189個機關;其中設有政風機構者,計有一級機關24個,二級機關15個及區公所30個,共計69個。